Il Casin degli spiriti è un intreccio tra invenzione letteraria e avvenimenti reali ricostruiti con accuratezza storica. La vicenda principale si svolge a Venezia nel 1966, alternandosi a numerosi flashback che rivelano di volta in volta gli antefatti verificatisi nel 1912 e poi nel 1939. Miklos Dolnar, cosmopolita scacchista professionista e Ilaria Ferretti, assistente universitaria all'università di Ca' Foscari, si conoscono ed iniziano a frequentarsi e ad innamorarsi l'uno dell'altra. Nel corso di una romantica gita in barca tra i rii veneziani, Ilaria riconosce nel Casin degli spiriti il luogo che segnò tragicamente la sua infanzia, in cui fu condotta da bambina e da cui probabilmente il padre Vittorio scomparve nel 1939 alla vigilia della seconda guerra mondiale. I due iniziano ad indagare in una Venezia su cui incombe la grande alluvione del 1966 sta infatti per raggiungere il livello record di 194 centimetri sopra il livello del mare che segnerà per sempre le sorti della città.