Viele Jahre lebten die Menschen in einer Ära des Schreckens, in der gigantische mobile Festungen als ihre letzte Zuflucht dienten. Viele Jahre zogen die Kinder in unerbittliche Schlachten, um die Erwachsenen zu beschützen. Doch die Zeit des Versteckens ist vorbei: In Gran Crevasse, dem Nest der Klaxosaurier, entbrennt der alles entscheidende Kampf. An vorderster Front trotzt Zero Two mit letzter Kraft der mächtigen Code 001 - dem Ursprung allen Unheils, der Nemesis der gesamten Menschheit ? und zugleich ihr eigenes Fleisch und Blut.