Die Abenteuer von zwei Jungen und einem klugen Delfin gehen in die zweite Staffel. Der fünfzehnjährige Sandy (Luke Halpin) und der zehnjährige Bud (Tommy Norden) sind die Söhne des verwitweten Parkaufsehers Porter Ricks (Brian Kelly). Dessen Aufgabe ist es, im Coral Key Park in Florida für die Sicherheit der Delfine und der Taucher zu sorgen. Die drei freunden sich mit dem Delfin Flipper an, der für die beiden Jungen ein Spielkamerad und für Porter eine unentbehrliche Hilfe bei seiner täglichen Arbeit ist. Gemeinsam erleben sie eine Menge Abenteuer im Park, denn nicht selten machen zwielichtige Gestalten die Gegend unsicher und es gilt Schmugglern und Umweltsündern das Handwerk zu legen. Unterstützt werden sie dabei von dem alten Seebären Hap Gorman (Andy Devine) und der Meeresbiologin Ulla (Ulla Strömstedt).

Episodenübersicht der 2. Staffel:
31. Flipper hilft der Wissenschaft (Flipper And The Mermaid)
32. Flipper als Detektiv, Teil 1 (Dolphin in Pursuit, Part 1)
33. Flipper als Detektiv, Teil 2 (Dolphin in Pursuit, Part 2)
34. Flipper und die Mine (Flippers Hour of Peril)
35. Flipper kann nicht hören (Coral Fever)
36. Flipper und der Hilfsaufseher (Junior Ranger)
37. Flipper und das Flugzeug, Teil 1 (The Ditching, Part 1)
38. Flipper und das Flugzeug, Teil 2 (The Ditching, Part 2)
39. Flipper und der Spion (Flipper And The Spy)
40. Flipper alarmiert seine Truppe (Dolphin Patrol)
41. Flipper und das Stromkabel (A Job For Sandy)
42. Flipper und das Zirkuspferd (Flipper And The Horse Thieves)
43. Die Abenteuer auf der Bounty (Flipper And The Bounty)
44. Jagd auf Haie (Shark Hunt)
45. Der Doppelgänger (Flipper, The Detective)
46. Flippers abenteuerliche Reise, Teil 1 (Flippers Odyssey, Part 1)
47. Flippers abenteuerliche Reise, Teil 2 (Flippers Odyssey, Part 2)
48. Flippers abenteuerliche Reise, Teil 3 (Flippers Odyssey, Part 3)
49. Der Autounfall (Slingshot)
50. Das Geburtstagsgeschenk (Flipper And The Shark Cage)
51. Flipper in Lebensgefahr (The Lobster Trap)
52. Das Propellerboot (Air Power)
53. Flipper und der Prinz (Gift Dolphin)
54. Flipper und der Inspektor (The Raccoon who Came to Dinner)
55. Flippers neuer Freund, Teil 1 (Flipper Joins the Navy, Part 1)
56. Flippers neuer Freund, Teil 2 (Flipper Joins the Navy, Part 2)
57. Flippers Unterwasser-Museum (Flippers Underwater Museum)
58. Im U-Boot eingeschlossen (Deep Waters)
59. Flippers große Liebe, Teil 1 (Dolphin Love, Part 1)
60. Flippers große Liebe, Teil 2 (Dolphin Love, Part 2)