Sarah ist das Resultat eines einzigartigen genetischen Experiments. Ein Selbstmord, den sie unmittelbar beobachtet hat, führt sie zufällig auf die Spur zu ihrer wahren Identität - und zugleich zu den Klonen ihresgleichen. Und irgendjemand versucht sie nun auszuschalten. Einen Klon nach dem anderen ...

Zu Beginn der zweiten Staffel ist Sarah in höchster Gefahr: Sie ist auf der Flucht, ihre Verfolger sind ihr dicht auf den Fersen. Sie sucht verzweifelt nach ihrer Tochter Kira und vermutet, dass der Pro-Klon Rachel für ihr Verschwinden verantwortlich ist. Denn Rachel, die Teil des Systems und ein mächtiges Mitglied der Dyad Organisation ist, hat die Aufgabe bekommen die Loyalität zwischen Sarah und den anderen Klonen zu unterwandern. Doch ohne ihre Tochter hat Sarah nichts zu verlieren und ist fest entschlossen, Rachel mit allen Mitteln zu bekämpfen.

Alisons sorgsam aufgebaute Vorstadt-Idylle gerät aus den Fugen und Cosima muss wegen ihrer Krankheit eine schwierige Entscheidung treffen, die schreckliche Konsequenzen für alle Klone haben könnte.

Neue Feinde, veränderte Loyalitäten, weitere Informationen über ihre Vergangenheit und mysteriöse neue Klone lassen Sarah keine andere Wahl, außer den Kampf gegen das System anzunehmen.